En vertu de l’article L 121-1 du Code pénal, "nul n’est responsable que de son propre fait". Cependant, au sein de l’entreprise, même si les dirigeants n’ont pas commis l'infraction de manière directe, il sont souvent présumé coupable des infractions commises par les personnes qu’ils ont chargées des opérations liées au fonctionnement de leur établissement. En effet, les tribunaux retiennent bien souvent une présomption de faute à l'égard du chef d'entreprise en raison de son pouvoir de direction, de décision et d’organisation.

Le dirigeant pourra toutefois se dégager de sa responsabilité en démontrant qu’il a délégué son pouvoir à une autre personne. La délégation sera valable si le délégué s’est vu transférer la compétence, les moyens et l’autorité nécessaires à sa mission.

De plus la responsabilité du chef d’entreprise personne physique peut se cumuler avec la responsabilité pénale de la personne morale. Celle-ci a été généralisée par la loi Perben 2 du 9 mars 2004, certains commentateurs ayant remarqué que la responsabilité pénale des personnes morales à jouer comme un facteur d’allègement de la responsabilité des personnes physiques.

En ce qui concerne les atteintes à l’environnement,  il n’existe pas en droit français d’incrimination générale unique. Il faut se référer à des textes spécifiques contenus dans le code de l’Environnement, comme ceux relatif à la pollution de l’air ou des eaux. Un chef d’entreprise a par exemple était condamné par la Cour de cassation dans un arrêt du 4 mai 1999, pour pollution d’un cours d’eau, alors qu’il était en congé au moment des faits. Celui-ci a été jugé coupable dans la mesure où il aurait manqué à ses obligations de chef d’entreprise envers le personnel notamment au regard de la formation. Comme on l’a vu précédemment, une présomption de faute pèse sur le dirigeant même en son absence.

Partant du constat que la définition des infractions en matière d'environnement variait considérablement d'un Etat membre à l'autre de la Communauté, et que les niveaux de sanction n’était pas adéquats pour dissuader la réalisation d'infractions, la Commission européenne a mis en place une proposition de directive visant à pénaliser  les délits les plus graves en matière d’environnement et à harmoniser les sanctions dans les Etats membres. Celle ci a été rendue publique le 8 février 2007.

La directive obligerait par exemple les Etats membres à qualifier de délits pénaux les émissions illicites de substances dangereuses dans l’air, l’eau ou les sols, le transport, l’exportation ou l’importation illicite de déchet ou encore le commerce illicite d’espèces menacées d’extinction lorsqu’ils seront commis délibérément  ou par négligence grave. Bruxelles a également précisé que les sanctions s’appliqueraient aussi bien aux personnes physiques que morale, à l’exclusion des personnes publiques.

Dans les cas particulièrement grave, tel que le transport de matière nucléaires, le texte prévoit des peines d’emprisonnement de 5 à 10 ans.

Cette nouvelle proposition de directive de la commission sera examinée à la fois par le Parlement européen et par le Conseil de l’Europe. Un texte similaire a déjà été rejeté par le Conseil en mars 2001 afin de protéger la souveraineté des Etats membres en matière pénale. L’adoption de la directive risque donc de rencontrer des difficultés puisque la commission n’a nullement le pouvoir d’harmoniser le droit pénal.

La pénalisation des atteintes à l’environnement s’inscrit dans une sens d’une prise de conscience mondiale des dangers d’une pollution massive et non contrôlée. Le renforcement des sanctions en matière environnementale aura des conséquences directes sur la responsabilité des dirigeants puisque l’activité des entreprises est la source principale de pollution.